Los Estatutos de la Universidad de 1985 abrieron una nueva perspectiva para el Jardín Botánico, que dejó de depender de la Facultad de Ciencias al ser considerado un “Centro universitario de investigación, docencia y cultura”, dependiente directamente del rectorado.
En 1987 el rector Ramon Lapiedra nombró director a Manuel Costa, catedrático de Botánica de la Facultad de Farmacia, y le encargó la redacción de un proyecto de restauración integral del Jardín para recuperar el uso de todas sus instalaciones y darle el contenido que le atribuían los Estatutos.
El proyecto incluyó la restauración de los invernaderos y del umbráculo, la transformación de los cuadros de plantación, del sistema de riego, la remodelación de la Escuela Botánica, el desarrollo de nuevas colecciones de plantas, la implantación de un sistema adecuado de información y la construcción de un edificio de investigación. La primera fase, la recuperación del espacio ajardinado, se realizó entre 1989 y 1991.
La segunda fase, la construcción del edificio de investigación, no pudo completarse, por distintas dificultades administrativas y económicas, hasta 1999.La restauración del Jardín permitió recuperar los antiguos y deteriorados edificios. El umbráculo fue demolido y construi
do de nuevo. Se renovó la estructura metálica y la cristalera de los invernaderos, sólo se conservó la de la estufa tropical con un perfil muy singular que aún estaba en buen estado, y se instaló en ellos calefacción, riego y sistemas de humectación. La antigua estufa fría de grandes ventanales en el muro de mampostería, ocupada por el acuario, fue restaurada y dedicada a exposiciones y actividades culturales.
En los invernaderos, que estaban deteriorados y vacíos, se instalaron colecciones nuevas de palmeras, orquídeas, bromeliáceas, plantas suculentas, tropicales, carnívoras. Todos se abrieron al público. Se creó la rocalla y nuevas colecciones de plantas útiles para el hombre: frutales, plantas medicinales, plantas de interés económico...., colecciones todas ellas que volvieron al Jardín después de años de haber desaparecido y que recuerdan las distintas épocas y orientaciones por las que pasó. Se reordenó la Escuela Botánica, adecuándola a los modernos conceptos de la sistemática, y se volvió a plantar.
e oferta de acogida para los colegios y potenciando el desarrollo de actividades educativas sobre temas de naturaleza y medio ambiente, a la investigación, centrada en la línea de la biología de la conservación y participando en proyectos de estudio de la diversidad vegetal, y a la cultura, acogiendo actividades de todo tipo como exposiciones de artes plásticas, conciertos o representaciones teatro.
lencianas en peligro de extinción. Una biblioteca especializada en botánica ha encontrado, también, su ubicación en el nuevo edificio, abierta al público, reúne un importante fondo de revistas, artículos y libros para los aficionados y estudiosos de las plantas. 
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